Comité Cerezo México - Los saldos de la represión por motivos políticos en México
Baldenegro fue asesinado el 15 de enero de 2017. El cuerpo de Baldenegro recibió hasta seis impactos de bala, según las autoridades. Poco antes de su muerte buscó refugio en la casa de un tío en una comunidad tarahumara al norte de Chihuahua en una casa remota de la sierra. Había recibido numerosas amenazas.
El domingo 15 de enero por la tarde un hombre de 25 años —a quien posiblemente conocía la víctima— sacó un arma, disparó y huyó. La Fiscalía estatal ha anunciado que tienen "plenamente identificado" al agresor, pero no han querido ofrecer más información sobre el caso.
Sus parientes han denunciado que su asesinato está conectado con otros asesinatos y ataques a personas indígenas que se han opuesto a la tala ilegal en la región. The Guardian destacó que su muerte ocurrió meses después de que Berta Cáceres, que también ganó el Premio Goldman Medioambiental fue asesinada. 122 activistas medioambientales fueron asesinados en Latinoamérica en 2015, y 185 ecologistas asesinados en todo el mundo, 33 de ellos fueron asesinados en México.